分子蒸餾可得到純凈安全的產物，且操作工藝簡單。它能分離常規蒸餾不易分離的物質，分子蒸餾裝置要讓體系壓力符合高真空度要求，對材料密封要求較高，且蒸發面和冷凝面之間的距離要適中，設備加工難度大，造價高。
　　蒸餾產品的耗能小，由于分子蒸餾整個分離過熱損失少，由于分子蒸餾裝置的結構形式，其壓強很低且阻力遠比常規蒸餾小，因而可大大節省能耗。
　　對于高沸點、熱敏及易氧化物料的分離,分子蒸餾提供了恰當的分離方法。因為分子蒸餾在遠低于物料沸點的溫度下操作,而且物料停留時間短。
　　蒸餾液膜薄，整個產品的傳熱效率高，其物料的受熱時間短，受加熱的液面和加冷凝面之間的距離小于輕分子的平均自由程，所以由液面逸出的輕分子基本未經碰撞就到冷凝面。